Chaque année l'AFSE délivre son prix de thèse d'économie, doté d'une récompense de 3000 €.
Le prix est remis à l'occasion du Congrès annuel, bénéficie du soutien de la Fondation Banque de France pour la recherche en économie monétaire, financière et bancaire.
Les thèses d'économie soutenues, en France, entre le 1er janvier 2013 et le 31 décembre 2012 peuvent concourir au prix de thèse d'économie 2013.