La programmation thématique de l'ANR ambitionne de jouer un rôle d'accélérateur et d'amplificateur de thèmes de recherche qui émergent au sein de différentes composantes de la société (pouvoirs publics, communautés scientifiques, industriels). Le processus de programmation de l'ANR est fortement itératif. Il se base sur une très large consultation de la communauté scientifique nationale sur les besoins de recherche pour l'avenir, tant dans le domaine de la recherche fondamentale que de la recherche finalisée. Ce processus de bâti de la programmation suit une méthodologie rigoureuse qui a fait l'objet en 2010 d'une certification ISO 9001. Il s'intègre dans le cadre défini par la Stratégie Nationale de Recherche et d'Innovation